DE SHD CATALYTISCHE TRIAD
De SHD-katalytische triade, zoals de naam suggereert, bestaat uit de aminozuren (AAs) serine, histidine en aspartaat, waarvan de éénlettercodes respectievelijk S, H en D zijn.
Dit soort triade bestaat bijvoorbeeld in het enzym trypsine, dat kan worden gevonden in de pancreas, eerst gesynthetiseerd als een inactieve voorloper (dus het doet zijn werk niet totdat het nodig is).
TRYPSIN SNIJD SPECIFIEKE PEPTIDE-BONDS
Het idee met trypsine is dat het specifieke peptidebindingen moet hydrolyseren, waarbij de betreffende peptidebinding een specifieke volgt
De gemarkeerde binding is de peptidebinding die tijdens de enzymatische activiteit wordt gehydrolyseerd bij het vinden van de gemarkeerde
AMINOZUURROLLEN
serine in deze triade zou geweldig zijn nucleofiel, zo niet omdat het een proton heeft. Na het deprotonated zou echt helpen. Om dit te bereiken, moeten we iets tot stand brengen met als doel verlaging van de pKa van serine zodat het zijn proton weg wil doneren.
histidine wordt een gewenste oplossing door een activator voor serine. Aangezien de pKa van histidine ongeveer 6,04 is, en de pKa van neutrale serine ongeveer 15,9 is, zou het op zichzelf onwaarschijnlijk zijn dat dit gebeurt, hoewel …
Echter, aspartaat heeft een pKa van ongeveer 3,90 en een negatieve lading, dus als hydrofiele verbinding wil het een zuur zijn zodat zowel histidine als aspartaat een H-bindende interactie vormen.
Aspartaat's wens voor histidine's proton veroorzaakt histidine verhoog zijn pKa om zijn prototypen rechtsboven te houden, uitbalanceren het pKa-verschil tussen histidine en serine, waardoor de deprotonering van serine wordt bevorderd om een H-bindingsinteractie te vormen.
Als extra bonus, aspartate ook oriënteert histidine zodat de vrij roterende methyleenbrug op zijn plaats wordt gehouden. Leuk!
Samen werken deze binnen trypsine om bijvoorbeeld de hydrolyse / splitsing van specifieke peptidebindingen van andere eiwitten te katalyseren.
WAT IS HET MECHANISME OF NIET?
Wel, het is dit grote diagram hier:
- Histidine steelt een proton van serine en activeert het.
- Serine kan nu de carbonylkoolstof aantasten, bindend in een tetrahedrisch complex.
- Het complex wordt gestabiliseerd door een ruggengraat
# "NH" # van een nabijgelegen glycine, evenals die van dezelfde serine. Histidine is georiënteerd door aspartaat. Het tetraëdrische complex klapt in elkaar om de peptidebinding en het resulterende te splitsen# "NH" # steelt een proton weg van histidine. - Histidine kan een proton uit water halen, omdat de pKa nog steeds wordt verhoogd (waardoor het een zwakker zuur wordt) na te zijn gestabiliseerd door aspartaat.
- Hydroxide is een groot nucleofiel dat vervolgens de carbonylkoolstof kan aanvallen voor een tweede nucleofiele aanval.
- Het tetraëdrische complex, wederom gestabiliseerd door de ruggengraat
# "NH" # op de glycine en dezelfde serine, kan dan instorten, de serine afbreken en een proton off van histidine pakken zoals eerder. - We eindigen met een carbonzuur, het resultaat van de hydrolyse van een peptidebinding.
Jake stort elk jaar $ 220 op een rekening op zijn verjaardag. Het account verdient 3,2% eenvoudige rente en de rente wordt aan het einde van elk jaar aan hem verzonden. Hoeveel rente en wat is zijn saldo aan het einde van jaar 2 en 3?
Aan het einde van het 2e jaar is zijn saldo $ 440, I = $ 14.08 Aan het einde van het derde jaar is zijn saldo $ 660, I = $ 21.12 We krijgen niet te horen wat Jake doet met de rente, dus we kunnen niet aannemen dat hij het in stortingen doet zijn account. Als dit zou gebeuren, zou de bank de rente onmiddellijk storten en niet naar hem sturen. Enkelvoudige rente wordt altijd berekend op alleen het oorspronkelijke bedrag in de rekening (de opdrachtgever genoemd). $ 220 wordt aan het begin van elk jaar gestort. Einde van het 1e jaar: SI = (PRT) / 100 = (220xx3.2xx1) / 100 = $ 7,04 Begin van het 2e jaar "" $ 220 + $ 2
Als je een enkele dobbelsteen werpt, wat is dan het verwachte aantal rollen dat nodig is om elk getal een keer te laten rollen?
14.7 "rollen" P ["alle nummers geworpen"] = 1 - P ["1,2,3,4,5 of 6 niet gegooid"] P ["A of B of C of D of E of F"] = P [A] + P [B] + ... + P [F] - P [A en B] - P [A en C] .... + P [A en B en C] + ... "Hier is dit" P_1 = 6 * (5/6) ^ n - 15 * (4/6) ^ n + 20 * (3/6) ^ n - 15 * (2/6) ^ n + 6 * ( 1/6) ^ n P = P_1 (n) - P_1 (n-1) = 6 * (5/6) ^ (n-1) (5/6 - 1) - 15 * (4/6) ^ ( n-1) (4 / 6-1) + ... = - (5/6) ^ (n-1) + 5 * (4/6) ^ (n-1) -10 * (3/6) ^ (n-1) + 10 * (2/6) ^ (n-1) -5 * (1/6) ^ (n-1) "Het negatieve hiervan is onze waarschijnlijkheid." som n * a ^ (n-1) = som (d
De baan van je vriend betaalt $ 5,00 per uur en hij werkt 20 uur per week. Zijn belastingtarief is 20 procent. Ervan uitgaande dat hij 50 weken van het jaar werkt, wat is dan zijn jaarlijkse bruto-inkomen?
$ 4000 5 keer 20 = 100 bedrag per uur aantal gewerkte uren per week $ 100 per week 100 keer 50 = 5000 verdiend bedrag per week maal gewerkt week 5000 keer 0,80 = 4000 Hij krijgt maar 80% van wat hij verdiend, dus verdient hij $ 4000 elk jaar.